上海长江科技馆的一个特点是其半球形屋顶全用绿色植物覆盖，并且在绿色植物表面覆盖了很多的窗户，充分利用了采光。在序厅，在这个面积达198平米的长江河口入海的实景沙盘上看到了何谓河口： 即河流与受水体连接的过渡地区。距今二千年，长江口为喇叭型河口湾，湾顶在杨中和江阴之间，湾口宽度180公里。长江流域来沙丰沛，河口沙洲不断发育，北岸沙岛并岸，南岸边滩推展，口门束狹至90里， 河道成形，河槽加深，河口向东南方向延伸，逐渐演发成了一个典型的三角洲河口。长江是世界第三大河，滋润了长江三角洲,哺育了上海海派文化，上海依托这得天独厚的河口环境，正在建成国际金融、贸易和航运中心。

城市因河口而兴，河口的城市利用便利的航运资源，往往成为区域或者所在国家乃至世界重要的港口。港口优越的地理位置，便利的交通，富饶的资源使河口地区成为人类文明和社会经济优先发展的地区。 世界上百分之六十的人口和三分二的大中型城市汇聚在距离海岸线100公里的范围内。这是一座由“水”和“绿”做成的科技展馆，展馆外形犹如一条跃动的鱼，设序厅、资源与环境、科技与应用、人文与历史等四个常规展厅及一个临时展厅，共有展项51个，重点介绍长江河口自然、生态、科技与历史， 综合展示世界各主要河口相关知识。这还是全国首家以河口科技为主题的专业展馆，也是一座集科普教育、科学研究、旅游休闲于一体的体验式公益性科普场馆。据说在世界上也是第一座河口科技馆。

主体建筑分为地下一层，地面二层，分别设有五个展厅和一个四维动感影院，并设有景观咖啡厅等一流的公共服务和休闲娱乐设施。序厅展示的是有关河口方面的基础知识。第二展厅是资源与环境厅， 实景布置了一圈河口湿地芦苇，在这里似乎重现了崇明岛湿地的景象。其中有个四维电影放映厅，能吸引小朋友观看相关电影。第三展厅是科研与应用厅，第四展厅是人文历史厅， 主要介绍宝山河口历史中人文、历史、科技的重要表现和价值，其中一些逼真的模型和老地图比较引人注目。