由于崇明东滩湿地鸟类及其栖息地在保护与研究上的重要意义，该区域长期以来一直受到国内外的广泛关注。自20世纪80年代以来，国内外众多的专家、学者在东滩开展了大量的研究工作，为崇明东滩鸟类自然保护区的划建奠定了科学基础。2006年，东滩保护区被国家林业局确定为全国51个具有典型性、代表性的示范自然保护区之一，并在国家林业局编制的《全国林业系统自然保护区发展规划》中被列为重点建设的自然保护区之一。

整个保护区被划分为3个区域，分别为核心区、缓冲区和实验区。核心区面积148.42 km2，占保护区总面积的61.44%，该区为海三棱藨草植被集中分布区域，为保护区目前保存较为完好的自然生态系统，是主要保护对象的集中分布区域，为5类鸟类类群的主要栖息地、觅食地和越冬地。

对该区实现全年的严格保护措施，有利于系统内各种生物物种的生长、栖息和繁衍。实验区面积54.12 km2，占保护区总面积的22.41%，该区可以从事科学试验、教学实习、参观考察、旅游以及驯化、繁殖珍稀、濒危野生动植物等活动。